第一、可以全面供应作物生长所需的养分。化肥的特点是养分含量高，肥效快而持续时间短，养分较单一；农家肥大多养分种类丰富，但含量低、肥效慢而持续时间长。 因此，将化肥与农家肥混合施用可取长补短。
第二、可以减少养分被固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，从而降低了养分的有效性。若与农家肥混施后，可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少被土壤固定的机会。
第三、可以保蓄养分，减少流失，改善作物对养分的吸收条件。化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水的吸收，增加了养分流失的机会。如与农家肥混施，则可解决这一弊病。
第四、可以调节土壤酸碱度，改良土壤结构。农家肥可以提高土壤的缓冲能力，调节酸碱度，使土壤酸性不致于过高。
第五、促进微生物活动，增加土壤养分，提高土壤活力。农家肥是微生物生活的原料，化肥供给微生物生长发育的无机营养。两者混用能促进微生物活动，促进有机肥的分解，从而提高肥效。
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